הולדת יצחק בבית אברהם גוררת מריבה בין שרה להגר. הסיבה לבקשת שרה מאברהם לגרש את הגר וכנה אינה ברורה. שרה ראתה את ישמעאל "מצחק". במדרש ובפרשנות ימי הביניים פירשו את הפועל מצחק כחטא (מעשים מגונים, רצח או עבודה זרה) או כניסיון לפגוע כיצחק, אך ייתכן ששרה חוששת מחלוקת הרכוש של אברהם על ידי שני הכנים יצחק וישמעאל, כפי שמשתקף בחוקים מן המזרח התיכון הקדום.
האל מצווה על אברהם לשמוע בקול שרה אשתו והוא מגרש את הגר וישמעאל אל המדבר. מלאך האל, בדומה לסיפור גירוש הגר ההרה בבראשית טז, מציל את הגר וכנה ישמעאל, ולעיניה מתגלה באר. במדרש מזוהה הבאר עם באר מרים - היא הבאר הפלאית שנבראה בין השמשות. הסבר זה מתאר את הצלת הגר וישמעאל בבחינת נס. ישמעאל עתיד לשבת במדבר פארן, להפוך לרובה קשת ואב לעם גדול - הישמעאלים. אחת ממטרות הסיפור היא הסבר אטיולוגי לישיבת בני ישמעאל במדבר ופרנסתם משוד וביזה.